Srednja škola mrtvih smještena je u današnji Japan, počevši od planete pogođene fatalnom pandemijom koja ljude pretvara u zombije, a eufemistički se od primarnih likova naziva "Njima" (?? Yatsura?).
Priča prati brojne srednjoškolce (kao i medicinsku sestru) dok se snalaze koristeći svetski katastrofalni događaj nazvan „izbijanje“. Također se moraju suočiti s daljnjim rizicima od društvenog pada, vrste opasnih preživjelih, i potencijalnog propadanja njihovih posebnih moralnih kodeksa dok glumačka ekipa pokušava preživjeti zombi apokalipsu. Počevši od HS, učenici bježe u grad na mjestu gdje se moraju nositi s njegovim učenicima i ukaljanim učiteljem. Oni dobivaju psa kao i malu djevojčicu i procjenjuju preživjele u njihovim kućama. Nakon toga konačno se probijaju do osnovne škole koja je navodno sigurna zona, prolaze kroz policijsku stanicu i traju u tržnom centru.
