Svijet je u izolaciji. Uzrok tome su misteriozni dubokomorski entiteti koje je mornarica prozvala "dubokomorska flota" i njihovo zauzimanje mora izolirajući sve države svijeta jedna od druge. Odbijajući samo sjediti skrštenih ruku i pustiti dubokomorsku flotu da krene po svom putu, sve zemlje svijeta udružuju svoje resurse kako bi izradile novo oružje za borbu protiv njih ... oružje koje je po snazi usporedivo s onim bojnog broda ... i njegovo je ime je: Fleet Girls. Hoće li ovo novo oružje biti dovoljno za borbu protiv dubokomorske flote? Hoće li zastava koja je upravo poslana u mornaričku bazu u kojoj se nalaze "Djevojke flote" moći pomoći u njihovoj borbi ... Tek će vrijeme pokazati dok se ovaj rat protiv dubokomorske flote počinje razvijati.
