Mir je Hoennu možda bio vraćen nakon što su šeme zla Team Aqua, Team Magma i kasnije Guile Hideout zaustavljene. Međutim, kad se približila nova kriza, Steve Stone nije imao drugog izbora nego da još jednom zatraži pomoć Ruby, Sapphire i Emerald. Zbog čega su mladi treneri morali iskoristiti misteriozne moći Mega Evolucije? Je li kriza na bilo koji način bila povezana sa neobičnim simbolima 'omega' i 'alfa' na nikad viđenom zidnom slikarstvu Groudona i Kyogrea u Granitnoj pećini? Joseph Stone, otac Stevena i predsjednik korporacije Devon, mogao bi biti na nečemu važnom kad bi na slici ugledao neupadljivi znak 'delta' ...
